Santa Catarina foi dividida em 10 (dez) Regiões Hidrográficas, cada uma delas constituída de um conjunto de bacias hidrográficas que apresentam homogeneidade em termos biofísicos e socioeconômicos.

O PERH/SC será desenvolvido prevendo metas por bacia, que possam se materializar para o conjunto de cada Região Hidrográfica, considerada como o recorte espacial de referência para estabelecimento de objetivos estratégicos de gestão dos recursos hídricos.

Esses objetivos estarão vinculados às principais questões envolvidas com a problemática dos recursos hídricos de cada Região Hidrográfica, guardadas as suas características particulares, tais como o uso predominante da água, as fontes de poluição mais relevantes, a ocorrência de enchentes em determinadas bacias etc., de tal forma que, a partir da implantação das ações previstas pelo PERH/SC, se obtenha um quadro geral de compatibilidade entre oferta e demanda hídrica no âmbito de todo o Estado, sob uma visão estratégica do desenvolvimento estadual em bases sustentáveis.